孟德斯鸠曾说：一切权力都极易被滥用，这是千古不易的一条经验。有权力的人们使用权力一直到遇到边界的地方才休止。[54]学术权力和行政权力既然被冠之以权力的名称，亦即无法摆脱这样一种宿命。学术权力和行政权力都有异化的可能性，这也是不证自明的。而且从现实来看，行政权力和学术权力在各自的领域都出现过异化，对权利主体也造成了不利的影响。行政权力和学术权力的存在基础都是提供公共物品，而且其本质上都是一种控制、影响力和资源分配权，都可能被滥用或者被寻租。既然二者都存在异化的可能，那么对其都应当控制和防范。从政治和法治的角度来看，对权力的控制，除了有法律、权利主体以及权力主体自身的控制路径外，还有权力之间互相控制的路径，而权力控制权力的前提和形式就是建立双方制衡的权力关系。作为权力运行的重要场域，大学内部学术权力和行政权力的制衡，也是防止权力滥用的重要方式。因而，在大学内部建立学术权力和行政权力的制衡关系，是二者关系的重要方面。然而，目前我国高等院校权力配置中学术权力与行政权力却难以形成制衡，这是由历史传统与体制观念造成的。[55]
1．制衡的前提
无论从理论上还是从现实中考察，权力的分离并不必然产生权力的制衡。权力的制衡需要一些前提和条件，主要涉及两个层面：观念上的自觉和力量上的对抗。
首先，观念上的自觉是指，主体能够意识到自我的存在，从而将自身与外界分离开的一种认知状态。观念上的自觉是权力之间制衡的意识基础。观念的自觉需要四个条件：第一，主体意识的产生。第二，自我存在的共识，即权力主体能够意识到自我利益、自我权利和自我责任的现实存在，并且能够对共同的权利、意识和责任达成一定的共识。第三，自我权利与责任的认同。权力主体对于自我权力和责任的认同促使主体能够积极探寻自我权力的实现，并以积极的态度去履行自我责任。第四，竞争和对抗必要性的确认。不同主体之间客观利益的差别和观念上的不同，使主体之间的竞争关系成为一种必然或者永恒的主题。主体能够认识到进行竞争和对抗的必要性，是权力制衡的必然要求。
其次，力量的对抗性。力量上的对抗是权力之间制衡的重要物质力量。这里力量上的对抗又包括：观念力量的对抗和现实力量的对抗[56]两个方面。第一，观念力量的对抗。观念虽然具有主观性，但是它是一种不可忽视的力量。历史上所发生的巨大变革，很多都是在特定观念推动下进行的，比如“人民主权”的观念推动了近代民主的发展。不同主体之间的观念在互动之中，既相互渗透，又相互独立和竞争，而竞争和排斥关系是观念的主要趋势。第二，现实力量的对抗。从现实来看，不同主体之间在客观上都具有各自的力量，这种力量的形式多样，力度差异较大。在法治框架下，社会各方主体的力量一般由法律所赋予、认可或者保障。现实中，主体之间的互动首先是一种力量与力量之间的对抗。法律通过授权或者限权的方式实现对主体力量的调控，所以法律之中各主体的关系亦是力量的对抗关系。
2．制衡的达成
就规范权力运行的角度而言，大学内部学术权力和行政权力应当形成一种制衡的关系。然而这种制衡关系并不是天然产生的，而且也并不总是有效的。如何建构有效的制衡关系是大学内部学术权力和行政权力关系建构的重要使命。
首先，有效的制衡不是无序的冲突、相互背叛和抵制。由于行政权力和学术权力的使命和运行逻辑存在很大差别，所以二者之间存在竞争甚至冲突都是在所难免的。但是，并非所有的竞争、冲突和抵制都是有效的制衡。有效的制衡是在相互尊重的前提下，通过监督、理性的抵制和抗争等形式，对对方的意志和行为产生一定约束和限制的状态和过程。有效的制衡应当是理性的而不是盲目的和恶意的。其次，有效的制衡需要承认学术权力和行政权力的共生性和平等性。只有在观念上承认两种权力同根同源、相伴而生、各有使命、不可偏废以及地位上具有平等性，才能使得两种权力之间的制衡成为可能。再次，在中国语境下，应当扩充学术权力的力量。权力之间制衡的前提，是权力之间力量的对抗性。从我国现实来看，学术权力的力量显然是比较弱小的。学术权力力量弱小主要体现在两个方面：其一，管控的疆域狭小。学术权力控制和规范的领域还比较狭小，行政权力控制了很多本来应该由学术权力管控的领域。其二，学术权力的权威性和影响力弱小。学术权力的权威性总是因为受到行政权力的干预和侵蚀而被削弱。学术权力积贫积弱的现实，定然无法对行政权力产生真正意义上的制衡。要想形成有效的制衡，就应当扩充学术权力的力量。具体而言，就是通过法律和校内章程，扩展学术权力管理事项的范围，而且赋予学术权力主体更多实体权力和程序权力，从而使学术权力有更大的力量。最后，行政权力在坚持服务于学术事务的前提下，应当对学术权力进行一定的制衡。行政权力是一种监督制衡的力量。[57]学术权力本身有其局限性，比如效率低、门第观念重、学术资源过分集中于某个学科或者“学霸”手里。要想避免学术权力产生弊端，行政权力可以在学术资源的配置和学术惩戒中起到平衡和监督的作用。
学术权力和行政权力的制衡关系具体表现为：相互监督，对于对方不合法、不合理决定的抵制或者不执行；提出意见和看法；在决策过程的博弈和妥协等。大学是一个融学术性和行政性为一体的复杂社会组织，只有努力维护学术权力和行政权力均衡发展、协调制衡的局面，使两种权力在合理的范围和限度内发挥其应有的权力优势，才能既保证学术权力的自由性和畅通性，又保证学校管理的高效运行，从而实现办学效益与效率的双赢。[58]
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