现实中，纯粹的学术事务和行政事务都是存在的，而不像有些学者所认为的那样是交织在一起，分不清楚。[47]大学内部确实存在纯粹的学术事务和行政事务，如学生成绩评定、学位论文的评定等都是纯粹的学术事务，而行政部门内部的招聘和管理、后勤部门的招聘和管理都是纯粹的行政事务。纯粹的行政事务应当由行政权力负责，而纯粹的学术事务则应当由学术权力进行规制。比如，在英国，在校务委员会与评议会的权力关系方面，二者间根据长期的习惯建立了牢固的权力分配原则：纯粹关于学术事务的决策权力在评议会，只要不涉及有可能负债的开支，校务委员会都会无条件地全部接受评议会的建议；非学术性事务的决策权力在校务委员会，校务委员会从来不向评议会开放，也不接纳评议会的代表参加讨论。[48]
不可否认，大学内部存在更多的是学术事务和行政事务交织情况。在这种情况下，无法对学术权力和行政权力进行明确的划分，比较原则性的做法是，能够归为学术事务的，尽量由学术事务进行管理，行政权力起配合作用。换言之，对于行政事务和学术事务交织的情况，学术权力起主导作用。
适度配置高校的权力，实行集权与分权相结合可从两方面入手：一方面，建立健全大学内部分权制管理制度，通过建立各级专业委员会、学术委员会等组织，形成学术权力与行政权力的适度分割，各行其职、各负其责；另一方面，适当保留大学高度集权和科层化等级制度的管理传统模式，将权力重心下移，设在校、院两级，但下级必须对上级负责。[49]例如，南方科技大学就由三个委员会及校长承担领导和管理职责，行政、学术和政治三者决策权力分立，执行部门分开，有效地将三种权力平衡解构，形成相互制约、相互监管，初步赋予学术自由的空间和权力。[50]理性分权、各司其职是处理好二者关系的前提，也是二者互动的逻辑起点。
（四）合作共赢
在一个资源有限的社会场域里，竞争将是不同权力或者主体之间恒定的，或明或暗的关系结构。现代大学作为一个相对封闭的空间，其资源的有限性决定了大学内部不同权力之间必然存在竞争关系。这种竞争关系必须被控制在合理的限度内，否则会对大学的发展产生致命的影响。然而，就现实来看，学术人员和行政人员对彼此间平等合作的关系认识不足，双方互相不满甚至互相对抗的现象时有发生，不仅导致了不必要的内耗，而且使学术权力和行政权力之间的协调与合作变得更加困难。[51]现代大学的发展需要学术权力和行政权力进行合作，通过合作实现有效的治理，创造合作共赢的局面。因为，“一个健康组织的特点是：具有完善的解决问题的办法和合作文化，它一定能够鉴别文化冲突并且采用集体合作的方法处理冲突，使组织更强、更完善，而不是被对立情绪削弱和破坏”。[52]
1．合作的必要性
大学内部存在的学术权力和行政权力具有不同的使命、作用领域和运行逻辑，但是，二者之间的合作是非常必要的。之所以强调行政权力与学术权力的合作，主要是基于四点理由：首先，从实现大学善治的角度而言，善治的本质是合作治理。大学内部行政权力和学术权力之间的合作是合作治理的应有之义。其次，大学内部学术事务和行政事务的交织决定了学术权力和行政权力合作的必要性。从现实来看，大学内部存在诸多无法明确划清界限的事务，完全被划归于一项权力管理并不现实，它们通常是处在两项权力共管的状态下，而要保证共管达到好的效果，这两种权力就必须进行有效的合作。再次，从权利本位的角度而言，学术权力和行政权力应当相互合作，共同致力于权利的服务。大学内部存在权力和权利的分野，而在价值位阶和功能取向上，权力的产生和运行都应当围绕权利的实现和保护而展开。为了更好地维护大学内部存在的各种权利，需要大学内部行政权力和学术权力的通力合作。最后，二者合作是共同治理理念的要求。关于“共同治理”，美国教授协会（AAuP）、美国教育委员会（ACE）以及美国大学和学院董事会协会（AGB）于1966年联合发布的《学院与大学治理的联合声明》中将其定义为：“基于教师和行政部门双方特长的权力和决策的责任分工，以代表教师和行政人员共同工作的承诺。”一般理解为大学董事会、行政管理部门、教师、学生等大学各类成员共同参与大学治理。[53]
2．正面合作的达成
学术权力与行政权力之间需要合作，但是，这种合作必须是正面的，即应当是产生积极效能和作用的合作，而不是沆瀣一气、狼狈为奸，瓜分资源、剥夺权利的勾结。正面的合作应当是以学校精神的维护、事业的发展和权利的保障为目标指向的，即二者应以更好地保障大学内部各主体权利的实现为目标，以是否有利于权利的保护为衡量合作有效性和合法性的标准。
大学内部学术权力和行政权力的合作主要体现为四个方面：第一，信息共享。有效的信息是作出理性决策和行为的基础，因而信息是非常重要的。作为具有独立运行逻辑、意志和利益的权力，学术权力和行政权力主体各自有自身的信息优势，而且各自对部分信息具有天然的垄断性。信息的封闭性和不完整性会影响主体作出理性的决策和判断。因而，行政权力和学术权力之间的合作，首先要求信息的沟通和共享。第二，相互尊重各自意志和决定。观念上的共生关系要求行政权力和学术权力应当相互尊重，不能相互倾轧或者抵制。对于对方的意志表达应当充分的尊重和信任，对于对方合法的决策应当尊重和接受。相互尊重意志表达和决定，是双方合作的前提和基础，也是合作的重要形式。第三，共同作出决定。大学内部行政事务与学术事务交织的事实与校内民主的基本原理，决定了大学内部的治理需要行政权力和学术权力之间共同作出决策。这种共同决策，实际上是在尊重相互意志的基础上达成共识的过程，有助于提高决策的科学性，也有利于增强决策本身的可接受性。第四，相互配合。大学内部的行政权力和学术权力各具特色，而且有自己的功能和使命，因而也有自己的主攻方向。这就决定了对于某一事项，行政权力可能起主导和决定作用，而对于另一事项，学术权力可能起主导和决定作用。在某一项权力起决定和主导作用的领域，另一项权力应当积极的配合。尤其是基于学术权力执行力差的特点，学术权力作出的决策特别需要行政权力的执行和配合。
（五）相互制衡
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