其次，行政权力与学术权力各有使命，不可偏废。“近代大学的世俗化和科学教育不仅导致大学功能的世俗化和学科机构的复杂化，而且带来了大学规模的不断扩大，以及维持大学运行的事务性工作日益复杂。教师为了全力应付日益繁重的教学科研任务，逐步与非学术性事务工作脱离关系。一批不同于学生和教师群体的人员—专职管理人员在学校出现，改变了学校组成人员的传统结构。”[32]有些学者将此作为行政权力产生的分水岭或者契机，[33]但是，准确地说这应当是行政权力和学术权力分属于不同主体来行使的开始，即两种权力都走向专业化和专职化的开端。学术权力主要是管理学术事务的权力。[34]而学术事务主要包括学术资源的分配、学术决策、学术判断和学术评价等事项。因而，学术权力的主要功能就是分配学术资源、进行学术决策、制定学术规范、进行学术判断和学术评价等。[35]与学术权力相对称意义上的行政权力，是大学作为以一个组织化的共同体，必然存在的、提供一般意义上的公共物品的力量。行政权力主要的功能是为大学提供诸如安全、秩序、纪律和各种服务的权力。现代大学作为一个规模庞大的组织体，其本身也需要治理和服务，因而其对于行政权力具有很强的依赖性。当然，大学作为以一个学术事务为核心的共同体，学术权力必然成为大学不可或缺，而且独具特色的权力形式。从现实来看，大学内部的事务并不能泾渭分明地被分成学术事务和行政事务，还有一些领域很难被判断是学术事务还是行政事务，比如，教师的聘任等。学术事务和行政事务的交叉，也决定了行政权力和学术权力并不是能够相互替代的，而是各自依托自身的特性和本质，发挥着自身的作用。大学内部的行政权力和学术权力各有使命，不可偏废，因而在处理二者关系时，主张学术权力取代行政权力或者行政权力取代学术权力都是站不住脚的。现代大学的规模扩大、人员结构的复杂化，使学术权力和行政权力的分化更加明显，关系也更加复杂，但是，这并不意味着一方将被另一方取代。
观念上的共生关系强调大学内部行政权力和学术权力同根同源，并没有价值位阶的高低，同样有异化的可能，不宜对二者进行道德审判。二者不可偏废，应当寻求良性互动。当然，二者之间的共生关系并不意味着效力上的等同与管理领域的平分秋色，这种关系并不影响二者份额上的差别和实际所起作用的大小。
（二）学术权力优位
学术事务是大学的核心，也是承载大学使命的重要组成部分。保障和促进学术事业的发展，是大学永葆生机和活力的关键。学术活动的有效展开和健康发展，离不开学术权力的规范和保障，因而，学术权力对于大学学术事务的管理是至关重要的，尤其是现代大学正面临学术事务组织化、复杂化的趋势。现代大学的结构类似于法院，虽然学术事务和行政事务并存，但是，学术事务是核心业务，行政事务是辅助业务，尽管行政事务必不可少，但是其无法取代学术事务的地位。既然学术事务是大学的核心，学术发展决定大学的命运，而学术权力对于大学内部的学术发展又至关重要，那么大学内部权力结构的构建就应当着眼于学术事务的优先发展，应当强调学术权力的优位性。学术权力优位主要体现为两个方面：学术权力终局决策性和行政权力的服务性。值得一提的是，强调学术权力的优位性是基于大学学术事务的核心性和学术权力的专业性，而非两种权力价值位阶的优劣。
1．学术权力的终局决策性
学术权力的终局决策性是指，相较于行政权力，学术权力在大学事务管理中的决策和判断具有终局性效力。学术权力的终局决策性主要体现在四个方面：第一，对于学术事务，学术权力独享终局判断权和裁决权。学术事务具有非常强的专业性和复杂性，学术权力的形成与行使的合法性和合理性本身就在于其自身的专业性。学术权力可以更加适应学术事务的规律性和专业性，从而满足学术管理和服务的需要。第二，纯粹学术事务之外的事务，特别是混合事务，相较于行政权力具有终局判断权，即学术权力的判断具有最终的效力。尽管从逻辑上可以将大学内部的事务分为行政事务和学术事务，但是，现实中，有些事务交织在一起，很难做到泾渭分明，比如教师的聘任、学校的招生（特别是研究生）、教学和科研经费的分配、教师的管理及工资确定等。[36]学术事务和行政事务的交织决定了学术权力和行政权力都会对该事项产生影响。两种权力都可能通过行使规则制定权、决策权和行政权对该事务进行管理。在此种情况下，亟待解决的就是两种权力的效力高低问题。基于学术优先的理念，针对学术事务更强的专业性，在处理学术事务与行政事务交织的事项时，学术权力应当对这些事务具有最终的决定权。这就意味着，行政权力也可以对该事务制定政策、作出初步决策和决定，但是，学术权力最终决定上述政策、决策和决定的效力。第三，学校的改革和发展，不得剥夺学术权力的终局性，而且学校的改革和发展过程应当强调学术权力的决定性作用。外部环境和内部要素的流变性决定了改革和发展是大学不断保持生机活力的保障。但是，确保改革的有效性需要把握两个原则：其一，大学的改革，不得以牺牲学术权力的权威和效力为代价，否则便会产生本末倒置的后果。其二，大学的改革，应当充分尊重学术权力的意见，使学术权力在大学改革中起到真正的决定作用，而不只是做历史的旁观者。高校的改革往往都是由校内行政部门主导的，而且很多学校的改革是因某个领导的到任而启动，也因领导的离去而堰旗息鼓，其中充斥着领导意志和权力色彩。行政权力因其高效性和官僚性而容易成为改革的推动者，但是，以防出现类似于当年剑桥大学改革的危机，[37]也应当确保学术权力成为改革方向的把控者和决定者。第四，当学术权力与行政权力的决定发生冲突时，原则上以学术权力的决定为准，除非经过有效的权限争议解决程序，否决了学术权力的合法性和合理性。“高校的前途，就其协调传统与革新的职能而言，多取决于成千上万个别教师的价值观，而很少取决于高校的理事或校长。因为思想与创造不能由行政部门以命令的方式向下推行，只能由个别学者或专家征求领导人许可的意见书的方式，去向上渗透。任何重要机构都无法这样干的，高校却必须这样由下而上地进行工作。”[38]
2．行政权力的服务性
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